釀造啤酒時，啤酒中的細菌或野生酵母的存在會導致渾濁現象與改變風味。

如何確認微生物污染
為了防止發生污染，常規的微生物檢測是必要的。在使用的酵母中的感染有時能直接用顯微鏡觀察到，但只有在這些感染物足夠多時才可以做到，而且一些野生酵母在顯微鏡下是無法與釀造酵母區分開來。因此細菌培養或酵母培養這種方法雖然慢，但對檢測感染和確認存在的生物體身份更加準確。
使用在特定條件下（好氧或厭氧）生長的選擇性培養基可以確定存在的生物體的數量，并且更好的辨別觀察菌群的形狀。不同類型的微生物將需要適當的培養基和生長條件，通常啤酒廠使用抑制啤酒酵母生長的選擇性培養基來分析啤酒樣品。

• WLN培養基：根據菌種不同，在此培養基上生長的酵母菌中在生長特點上存在細微差異，來鑒別野生酵母、酵母菌種和細菌，用于區分啤酒酵母和其他酵母。

• WLD培養基：通過向WLN培養基中添加放線菌酮，抑制培養酵母的生長，此培養基（WLD）更具選擇性，用于檢測含酵母樣品中的雜菌總數。

• Raka-Ray瓊脂：也稱乳酸菌選擇性瓊脂，是乳酸菌選擇性培養基，用于選擇性分離啤酒釀造工藝中的乳酸細菌，可以快速、準確地監測啤酒釀造過程中的各種微生物，包括足球菌。

下表列出了建議從不同樣品中檢查的微生物以及使用的培養基的建議：

在清洗罐子時，還可以對容器內表面和沖洗用水進行微生物測試，使用三磷酸腺苷（ATP）生物發光法在這里更高效。ATP普遍存在于所有活的生物體中，利用ATP與熒光素-熒光素酶復合物的反應來測定是否存在三磷酸腺苷（ATP），并確定是否需要進一步的清潔。
不難看出，許多階段都可能出現微生物污染。要避免這些問題需要采取綜合措施：啤酒廠的設計要盡量減少產生交叉感染的機會，例如讓麥芽粉塵遠離發酵區域；管道設計要避免出現衛生死角，防止微生物滋生的環境；定期檢查設備的密閉性，任何泄漏或者膠圈損壞都是潛在的警告信號。

如何避免微生物污染
有人說，釀酒90%是清潔工作。這可能有點夸張，但衛生的重要性怎么強調都不為過。特別是在自釀家釀啤酒這類封閉性不好的釀造環境下，徹底的消毒很難做到。
容器和管道必須定期徹底清洗和消毒。最常見的是使用堿清洗，但定期的酸洗也是必要的，以防止啤酒石的堆積從而滋生細菌。清潔容器和管道后，開始使用消毒劑，例如稀釋后的過氧乙酸。這也就是CIP系統的工作流程。
酵母應在 0-4 °C（32-39 °F）的溫度下進行收集和衛生儲存，使用前儲存時間不得超過一周。微生物監測可用于確認的酵母不受污染。
啤酒的任何添加物，如消泡劑，啤酒花產品，澄清劑或工藝氣體都是潛在的污染源。使用前應檢查產品及其添加方式是否受污染，體在使用前應通過無菌過濾器。

如果已經出現了污染問題該如何處理？
如果在包裝啤酒中發現感染，已無法挽救，只能用于防止其在未來的釀造中再次發生。
但如果是在一個生產階段中發現，如要投放的酵母中發現細菌感染，那么酸洗幾乎可以立即補救這種情況。如果正確的操作，酸洗將在對酵母健康產生很小影響的條件下大大減少細菌數量。
如果釀造過程中出現了微生物污染，徹底的清潔和衛生是防止再次發生的必要操作。可能需要增加清潔使用化學品的溫度、時間和濃度，并且定期檢查消毒用品是否失效（稀釋過氧乙酸的保質期較短）。檢查噴淋球或噴頭是否有堵塞。難以進入的區域要特別注意，例如可能需要拆卸板式換熱器，更換密封件和墊圈。